议罪银制度加剧了清朝官吏的腐化。尹壮图等官员向乾隆指出过这项制度的弊端，认为此举让贪者有恃无恐、廉者无处容身，乾隆也认为其意见“固属不为无见”，但他在位期间就是没有废除此项制度。后人只能将此项制度也看作是皇权的自私。乾隆除了可以借此制约地方大员外，还能敛财。要知道，所有的议罪银不是缴到国库，而是进入内务府——皇帝的小金库的。
府库亏空，是指官库钱粮实际情况与账面不符，甚至入不敷出、寅吃卯粮。这是清代社会普遍存在的问题。导致亏空的原因很多，有官员决策失误的原因，也有自然灾害的原因，但主要还是官员贪污、挪用公款和挥霍造成的。乾隆时期的地方官员要进贡、要接驾、要罚钱，手头紧张就挪用官银，相互之间心照不宣，前后相继。大家都抱着侥幸心理，祈祷自己任内平安无事，亏空事发在谁的任上算谁倒霉。很多人还把黑手伸向早已千疮百孔的官库，贪污侵吞。乾隆时期，每一件贪污案揭露出来后，必然牵出案犯所在衙门的巨额亏空。乾隆治理亏空的做法是“赔补”，谁造成的亏空谁拿钱补上，难以确定责任的就由相关的官员按照职位高低、在任时间长短“照股分赔”。乾隆五十一年（1786年）查出浙江省亏空十三万九千两官银，令前后三任巡抚富勒辉、雅德、福崧分赔。此举有一定的合理性，不能让贪官获利，要把财富物归原主。但是，亏空是历史积弊，不能让少数几个人承担责任，而且那几个人也赔不了那么多钱。怎么办？只能继续拆东墙补西墙，有的官员耗尽了做官的积蓄、祖先的遗产，变卖田地房屋，有的官员则一级级向下属衙门摊派，勒索银两，甚至敲诈贪污。不过，更多的官员干脆再次挪用公款，“赔补亏空”变成用官银赔官银，用新亏空来补上旧亏空。