事变过后，杨应龙的问题再次引起了川贵两地官员的争论，争论时间已拖延了很久，重点无非就是杨应龙的存在是否会对明王朝的统治产生威胁。四川方面一味包庇宽宥，恐有受贿之嫌，而贵州方面咬死了要剿灭然后改土归流，也有垂涎播州富庶优越的成分，无论如何川贵官员的相互倾轧之词都不能作为贸然下决定的依据，万历也犯了难，最后决定先派人去实地考察一下杨应龙在西南的具体表现，再做打算。万历二十年（公元1592年），杨应龙在重庆被调查后竟判了个“当斩”的结果，不过这结果还没有最终确定，朝鲜的战争就大规模爆发了，杨应龙赶紧上疏搞表现，说要带兵为国分忧，直捣离他十万八千里的前线战场。杨应龙在西南角，朝鲜在东北角，满怀激情隔着一整个中国去参战的杨应龙还没走到一半就毫不意外地被叫回去了，回到家屁股还没有坐热，又收到了四川的提审令。原来四川的官员换了人，新上任的官员对杨应龙态度一百八十度大转变，杨应龙感到恼火，之前要为万历征战朝鲜，万历都答应了，怎么四川巡抚又要查我！于是他违抗了来自四川的调查令。这就使得杨应龙“不服听勘”有了实锤，川贵意见达成一致，万历的注意力又基本放在紧张的朝鲜战场上，剿灭杨应龙的决策便很快就下达了。
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